中国工程院和中国科学院并称“两院”。中国工程院是我国工程科学技术界的最高荣誉性、咨询性学术机构，它是从中国科学院技术科学部分出。中国科学院是我国科学技术方面的最高学术机构，也是全国自然科学与高新技术综合研究发展中心。两者都是国务院正部级直属事业单位。虽然中国工程院和中国科学院并称“两院”，但是中国工程院并不下辖实体科研机构。
中国科学院则成立于1949年11月。中国科学院是我国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。1977年5月，哲学社会科学学部独立为中国社会科学院。中科院下辖6个学部，包括数学物理学部、化学部、生命科学和医学学部、地学部、信息技术科学部、技术科学部。中科院下设12个分院、84个研究院所、2所大学、2所学院、4个文献情报中心、3个技术支撑机构和2个新闻出版单位。
中国科学院学部成立于1955年，院士则从全国最优秀的科学家中选出，每两年增选一次。目前拥有702位院士，外籍院士53人。全体院士大会是最高权力机构，其常设领导机构是学部主席团，由中国科学院院长担任学部主席团执行主席。
中科院产生很多开创性科研成果，例如研制第一台计算机、曙光超级计算机、龙芯系列通用芯片，到单精度千万亿次超级计算系统、寒武纪人工智能处理器。从“两弹一星”到载人航天和探月工程以及载人深潜、深渊科考关键核心科技都有中科院做支撑。
中科院还拥有4个国家实验室、85个国家重点实验室和153个中国科学院重点实验室。中科院首任院长是郭沫若,目前院长是白春礼。中国科学院还有三所大学：中国科学技术大学、中国科学院大学和上海科技大学。其中中国科学技术大学创建于1958年9月，首任院长由郭沫若兼任。1970年代初，中科大迁至安徽省合肥市。
中国工程院设立于1994年，是我国科学技术部支持的咨询性学术机构。工程院主要任务是对国家重要工程科学技术问题进行战略性研究，并提供决策咨询，主要致力于促进中国工程科学技术事业的发展。工程院和科学院不同的是，其不下辖实体科研机构。目前中国工程院设有9个学部，包括机械与运载工程学部、信息与电子工程学部、化工、冶金与材料工程学部、能源与矿业工程学部、土木、水利与建筑工程学部、环境与轻纺工程学部、农业学部、医药卫生学部和工程管理学部等。工程院院长是李晓红院士。
图、中国工程院的期刊