| 序号 | 国家重点实验室（教育部直属高校） | 行政主管 | 宏观管理 |
| 1 | 天然药物及仿生药物国家重点实验室（北京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 2 | 蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室（北京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 3 | 稀土材料化学及应用国家重点实验室（北京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 4 | 核物理与核技术国家重点实验室（北京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 5 | 人工微结构和介观物理国家重点实验室（北京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 6 | 湍流与复杂系统国家重点实验室（北京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 7 | 区域光纤通信网与新型光通信系统国家重点实验室（北京大学、上海交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 8 | 化工资源有效利用国家重点实验室（北京化工大学） | 教育部 | 科技部 |
| 9 | 轨道交通控制与安全国家重点实验室（北京交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 10 | 新金属材料国家重点实验室（北京科技大学） | 教育部 | 科技部 |
| 11 | 认知神经科学与学习国家重点实验室（北京师范大学） | 教育部 | 科技部 |
| 12 | 地表过程与资源生态国家重点实验室（北京师范大学） | 教育部 | 科技部 |
| 13 | 网络与交换技术国家重点实验室（北京邮电大学） | 教育部 | 科技部 |
| 14 | 精细化工国家重点实验室（大连理工大学） | 教育部 | 科技部 |
| 15 | 工业装备结构分析国家重点实验室（大连理工大学） | 教育部 | 科技部 |
| 16 | 海岸和近海工程国家重点实验室（大连理工大学） | 教育部 | 科技部 |
| 17 | 综合业务网理论及关键技术国家重点实验室（西安电子科技大学） | 教育部 | 科技部 |
| 18 | 雷达信号处理国家重点实验室（西安电子科技大学） | 教育部 | 科技部 |
| 19 | 电子薄膜与集成器件国家重点实验室（电子科技大学） | 教育部 | 科技部 |
| 20 | 轧制技术及连轧自动化国家重点实验室（东北大学） | 教育部 | 科技部 |
| 21 | 纤维材料改性国家重点实验室（东华大学） | 教育部 | 科技部 |
| 20 | 毫米波国家重点实验室（东南大学） | 教育部 | 科技部 |
| 21 | 生物电子学国家重点实验室（东南大学） | 教育部 | 科技部 |
| 22 | 移动通信国家重点实验室（东南大学） | 教育部 | 科技部 |
| 23 | 医学神经生物学国家重点实验室（复旦大学） | 教育部 | 科技部 |
| 24 | 遗传工程国家重点实验室（复旦大学） | 教育部 | 科技部 |
| 25 | 专用集成电路与系统国家重点实验室（复旦大学） | 教育部 | 科技部 |
| 26 | 应用表面物理国家重点实验室（复旦大学） | 教育部 | 科技部 |
| 27 | 化学生物传感与计量学国家重点实验室（湖南大学） | 教育部 | 科技部 |
| 28 | 汽车车身先进设计制造国家重点实验室（湖南大学） | 教育部 | 科技部 |
| 29 | 生物反应器工程国家重点实验室（华东理工大学） | 教育部 | 科技部 |
| 30 | 河口海岸学国家重点实验室（华东师范大学） | 教育部 | 科技部 |
| 31 | 精密光谱科学与技术国家重点实验室（华东师范大学） | 教育部 | 科技部 |
| 32 | 制浆造纸工程国家重点实验室（华南理工大学） | 教育部 | 科技部 |
| 33 | 煤燃烧国家重点实验室（华中科技大学） | 教育部 | 科技部 |
| 34 | 数字制造装备与技术国家重点实验室（华中科技大学） | 教育部 | 科技部 |
| 35 | 材料成形与模具技术国家重点实验室（华中科技大学） | 教育部 | 科技部 |
| 36 | 激光技术国家重点实验室（华中科技大学） | 教育部 | 科技部 |
| 37 | 农业微生物学国家重点实验室（华中农业大学） | 教育部 | 科技部 |
| 38 | 作物遗传改良国家重点实验室（华中农业大学） | 教育部 | 科技部 |
| 39 | 理论化学计算国家重点实验室（吉林大学） | 教育部 | 科技部 |
| 40 | 无机合成与制备化学国家重点实验室（吉林大学） | 教育部 | 科技部 |
| 41 | 超分子结构与材料国家重点实验室（吉林大学） | 教育部 | 科技部 |
| 42 | 汽车动态模拟国家重点实验室（吉林大学） | 教育部 | 科技部 |
| 43 | 超硬材料国家重点实验室（吉林大学） | 教育部 | 科技部 |
| 44 | 集成光电子学国家重点实验室（清华大学、吉林大学、中国科学院半导体研究所） | 教育部 | 科技部 |
| 45 | 食品科学与技术国家重点实验室（江南大学） | 教育部 | 科技部 |
| 46 | 功能有机分子化学国家重点实验室（兰州大学） | 教育部 | 科技部 |
| 47 | 医药生物技术国家重点实验室（南京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 48 | 现代配位化学国家重点实验室（南京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 49 | 计算机软件新技术国家重点实验室（南京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 50 | 内生金属矿床成矿机制研究国家重点实验室（南京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 51 | 固体微结构物理国家重点实验室（南京大学） | 教育部 | 科技部 |
| 52 | 作物遗传与种质创新国家重点实验室（南京农业大学） | 教育部 | 科技部 |
| 53 | 元素有机化学国家重点实验室（南开大学） | 教育部 | 科技部 |
| 54 | 摩擦学国家重点实验室（清华大学） | 教育部 | 科技部 |
| 55 | 汽车安全与节能国家重点实验室（清华大学） | 教育部 | 科技部 |
| 56 | 水沙科学与水利水电工程国家重点实验室（清华大学） | 教育部 | 科技部 |
| 57 | 新型陶瓷与精细工艺国家重点实验室（清华大学） | 教育部 | 科技部 |
| 58 | 电力系统及大型发电设备安全控制和仿真国家重点实验室（清华大学） | 教育部 | 科技部 |
| 59 | 微波与数字通信技术国家重点实验室（清华大学） | 教育部 | 科技部 |
| 60 | 智能技术与系统国家重点实验室（清华大学） | 教育部 | 科技部 |
| 61 | 晶体材料国家重点实验室（山东大学） | 教育部 | 科技部 |
| 62 | 微生物技术国家重点实验室（山东大学） | 教育部 | 科技部 |
| 63 | 医学基因组学国家重点实验室（上海交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 64 | 海洋工程国家重点实验室（上海交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 65 | 机械系统与振动国家重点实验室（上海交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 66 | 金属基复合材料国家重点实验室（上海交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 67 | 口腔疾病研究国家重点实验室（四川大学） | 教育部 | 科技部 |
| 68 | 生物治疗国家重点实验室（四川大学） | 教育部 | 科技部 |
| 69 | 高分子材料工程国家重点实验室（四川大学） | 教育部 | 科技部 |
| 70 | 水力学与山区河流开发保护国家重点实验室（四川大学） | 教育部 | 科技部 |
| 71 | 内燃机燃烧学国家重点实验室（天津大学） | 教育部 | 科技部 |
| 72 | 精密测试技术及仪器国家重点实验室（清华大学、天津大学） | 教育部 | 科技部 |
| 73 | 海洋地质国家重点实验室（同济大学） | 教育部 | 科技部 |
| 74 | 污染控制与资源化研究国家重点实验室（南京大学、同济大学） | 教育部 | 科技部 |
| 75 | 水资源与水电工程科学国家重点实验室（武汉大学） | 教育部 | 科技部 |
| 76 | 软件工程国家重点实验室（武汉大学） | 教育部 | 科技部 |
| 77 | 测绘遥感信息工程国家重点实验室（武汉大学） | 教育部 | 科技部 |
| 78 | 材料复合新技术国家重点实验室（武汉理工大学） | 教育部 | 科技部 |
| 79 | 综合业务网理论及关键技术国家重点实验室（西安电子科技大学） | 教育部 | 科技部 |
| 80 | 机械制造系统工程国家重点实验室（西安交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 81 | 金属材料强度国家重点实验室（西安交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 82 | 电力设备电气绝缘国家重点实验室（西安交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 83 | 动力工程多相流国家重点实验室（西安交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 84 | 牵引动力国家重点实验室（西南交通大学） | 教育部 | 科技部 |
| 85 | 固体表面物理化学国家重点实验室（厦门大学） | 教育部 | 科技部 |
| 86 | 近海海洋环境科学国家重点实验室（厦门大学） | 教育部 | 科技部 |
| 87 | 传染病诊治国家重点实验室（浙江大学） | 教育部 | 科技部 |
| 88 | 硅材料国家重点实验室（浙江大学） | 教育部 | 科技部 |
| 89 | 流体传动及控制国家重点实验室（浙江大学） | 教育部 | 科技部 |
| 90 | 能源清洁利用国家重点实验室（浙江大学） | 教育部 | 科技部 |
| 91 | 工业控制技术国家重点实验室（浙江大学） | 教育部 | 科技部 |
| 92 | 计算机辅助设计与图形学国家重点实验室（浙江大学） | 教育部 | 科技部 |
| 93 | 现代光学仪器国家重点实验室（浙江大学） | 教育部 | 科技部 |
| 94 | 化学工程联合国家重点实验室（天津大学、清华大学、华东理工大学、浙江大学） | 教育部 | 科技部 |
| 95 | 地质过程与矿产资源国家重点实验室（中国地质大学） | 教育部 | 科技部 |
| 96 | 深部岩土力学与地下工程国家重点实验室（中国矿业大学） | 教育部 | 科技部 |
| 97 | 煤炭资源与安全开采国家重点实验室（中国矿业大学） | 教育部 | 科技部 |
| 98 | 农业生物技术国家重点实验室（中国农业大学） | 教育部 | 科技部 |
| 99 | 植物生理学与生物化学国家重点实验室（中国农业大学） | 教育部 | 科技部 |
| 100 | 油气资源与探测国家重点实验室（中国石油大学） | 教育部 | 科技部 |
| 101 | 医学遗传学国家重点实验室（中南大学） | 教育部 | 科技部 |
| 102 | 粉末冶金国家重点实验室（中南大学） | 教育部 | 科技部 |
| 103 | 华南肿瘤学国家重点实验室（中山大学） | 教育部 | 科技部 |
| 104 | 眼科学国家重点实验室（中山大学） | 教育部 | 科技部 |
| 105 | 有害生物控制与资源利用国家重点实验室（中山大学） | 教育部 | 科技部 |
| 106 | 光电材料与技术国家重点实验室（中山大学） | 教育部 | 科技部 |
| 107 | 机械传动国家重点实验室（重庆大学） | 教育部 | 科技部 |
| 108 | 输配电装备及系统安全与新技术国家重点实验室（重庆大学） | 教育部 | 科技部 |
| 109 | 家蚕基因组生物学国家重点实验室(西南大学） | 教育部 | 科技部 |
| 110 | 重庆市三峡库区生态环境与生物资源国家重点实验室(西南大学） | 教育部 | 科技部 |
| 111 | 天然药物活性物质与功能国家重点实验室 (中国药科大学) | 教育部 | 科技部 |