不同点：
一、流动相不同：HPLC为液体流动相，GC为永久性气体作流动相（通常叫做载气）
二、进样器不同：高效液相为平头进样针，气相色谱为尖头进样针
三、色谱柱长不同：
（1）气相色谱柱通常几米到几十米
（气相色谱由于载气的相对分析量较低，分子间隙大，故粘度低，流动性好，组分在气相中流动速度快，因此可以增加柱长，以提高柱效）。
（2）液相色谱柱通常为几十到几百毫米
四、分析种类有差异：
气相色谱分析的对象多为（不适绝对）：分子质量小于1000，低沸点，易挥发，热稳定性好的化合物。
液相色谱：更适用于分析高沸点，难挥发，热稳定性差，分子质量较大（1000 – -2000）的液体化合物。
五：样品柱前变化不同：气相色谱的样品在柱前必须变为气体（气化室汽化），而液相色谱的样品在柱前则无变化。
六、所用检测器有差异：
液相主要为：紫外检测器，荧光检测器、示差折光检测器…..
气相色谱主要为：氢火焰离子化检测器（FID）,热导检测器（TCD）,电子捕获检测器（ECD）,火焰光度检测器（FPD）,氮磷检测器（NPD）…..
相同点：基本原理相同。
都是利用物质在流动相和固定相中的分配系数的差别，从而在两相间反复多次（1000-1000000次，甚至更多）的分配，使原来分配系数差别很小的各组分分离开来。